Do poslední chvíle se SS všemi prostředky snažila zabránit osvobození přeživších vězňů spojeneckými vojsky. Postup sovětské armády vedl k Himmlerovu příkazu vyklidit všechny tábory a přepravit vězně do západněji položených koncentračních táborů, až se budou blížit nepřátelská vojska. Při evakuačních pochodech, v transportních vlacích, které byly často na cestě několik dní, a v přeplněných sběrných táborech přišly o život desetitisíce vězňů z koncentračních táborů.

Od konce března 1945 probíhaly i v Melku přípravy na evakuaci koncentračního tábora. Plán zahnat vězně do štol „Quarz“, celé zařízení vyhodit do povětří a vězně tak zavraždit uskutečněn nebyl. Mezi 11. a 15. dubnem bylo 7 401 zbývajících vězňů přesunuto z Melku do hlavního tábora Mauthausen a do pobočného tábora Ebensee. Ještě předtím však příslušníci SS a kápové zavraždili minimálně 30 těžce nemocných vězňů neschopných transportu. Minimálně dalších 36 vězňů zemřelo při evakuačních transportech. 5. a 6. května byli osvobozením táborů Ebensee a Mauthausen americkými jednotkami osvobozeni i přeživší z tábora Melk.