Fino alla fine le SS hanno tentato di impedire, con ogni mezzo, la liberazione di detenuti superstiti dei campi di concentramento dalle Forze Alleate. L’avanzata dell’armata sovietica ha indotto Himmler a impartire l’ordine di evacuare tutti i campi all’avvicinamento delle truppe nemiche e di trasferire i detenuti in campi di concentramento situati più a ovest. Decine di migliaia di detenuti hanno perduto la vita durante le marce di evacuazione o nei treni di trasporto che non sono arrivati alla loro destinazione per giorni o nei campi di accoglienza sovraffollati.

Dalla fine di marzo 1945 hanno cominciato a preparare l’evacuazione del campo di concentramento anche a Melk. I progetti per assassinare i detenuti all’interno del sistema delle gallerie “Quarz”, facendole saltare, non sono stati realizzati. Tra l’11 e il 15 aprile i 7.401 uomini ancora detenuti nel campo sono stati mandati al campo principale di Mauthausen e al sottocampo di Ebensee. Nel campo di Melk almeno 30 detenuti gravemente ammalati non trasportabili sono stati assassinati dalle SS e dai kapo poco prima della liquidazione del campo. Almeno 36 altri detenuti hanno perduto la vita durante i trasporti d’evacuazione. Con la liberazione dei campi di Ebensee e di Mauthausen il 5 e il 6 maggio, anche i superstiti del campo di concentramento di Melk sono stati liberati.